臺灣國家眼庫分為總庫及南區辦公室。總庫位於北台灣負責處理全國及離島眼角膜捐贈相關後續檢測， 因考量交通便利性，於南台灣設立南區辦公室優先協助處理臺中以南眼角膜捐贈相關後續檢測。